錦鯉水花一般挑選工作是在孵化后的3個多月期間內進行3～4次挑選。 孵化后的錦鯉仔魚，飼養了20～30天左右，魚體長到3厘米左右時，就要進行挑選，挑選的目的，就是為了去劣留優，強化生長速度，以達到保護遺傳性狀的效果，因此，挑選幼魚是飼養過程中獲得優質錦鯉比較重要的一個環節。

第1次挑選在仔魚孵出后的20～30天內進行，魚苗體長達到3厘米左右。主要是選留體質健壯，游動活潑，脊柱筆直，各鰭無畸形或缺陷，品種特征明顯的個體。對其它個體淘汰掉或另行培育出售。第2次挑選在第1次挑選后20天左右開始，選擇標準為各鰭形狀是否優美，尤其胸鰭，頭形是否對稱，眼、吻、觸須是否變形，色彩是否鮮艷濃厚，圖案斑紋是否清晰，品種特征是否明顯等。 第3次挑選與第2次挑選間隔20天左右。選擇標準是：魚鰭大小比例要適宜，色彩鮮明，白底要純凈，不能有污點，紅斑要求邊緣清晰，黑斑要濃淡均勻，斑紋左右平衡，若在吻部及尾柄部有白色部分要清晰，品種特征明顯等。 第4次挑選與第3次基本相同。 挑選因品種的不同、生長速度的快慢和出現斑紋的早晚而挑選的時間也有差異。例如，昭和三色錦鯉在孵化兩個多星期時就可以進行挑選；黃金系統錦鯉則為50天才可以開始挑選；而紅白系和大正三色系統的錦鯉，為60天左右才可以開始挑選。總之，幼魚需生長到體長3～5厘米時挑選才能開始。

首先去掉畸形、色彩不鮮艷的魚。還要依照花紋生長狀況和質量好壞標準進行挑選，紅白系錦鯉，紅斑紋顏色淡，應淘汰。錦鯉是大型魚，具有食用價值，經多次挑選淘汰出來的魚苗可以作食用魚飼養。