紫外線是一種肉眼看不見的光波，存在于光譜紫射線端的外側，故稱紫外線。紫外線系來自太陽輻射電磁波之一，通常按照波長把紫外線分為四類如下是物質運行的一種特殊形式，是一粒粒不連接的粒子流。每一粒波長253.7nm的紫外線光子具有4.9eV的能量。

當紫外線照微生物時，便發生能量的傳遞和積累，積累結果造成微生物的滅活，從而達到消毒的目的。當細菌、病毒吸收超過3600~65000uW/c㎡劑量時，對細菌、病毒的去氧核醣核酸（DNA）及核醣核酸（RNA）具有強大破壞力，能使細菌、病毒喪失生存力及繁殖力進而消滅細菌、病毒，達到消毒滅菌成效。紫外線一方面可使核酸突變、阻礙其復制、轉錄封鎖及蛋白質的合成；另一方面，產生自由基可引起光電離，從而導致細胞的死亡。

紫外線殺菌器殺菌原理是利用紫外線燈管輻照強度，即紫外線殺菌燈所發出之輻照強度，與被照消毒物的距離成反比。當輻照強度一定時，被照消毒物停留時間愈久，離殺菌燈管愈近，其殺菌效果愈好，反之愈差。